南京站在南京市玄武区龙蟠路。原址位于南京下关地区，1968年9月迁入现址。车站站房采用桅杆斜拉索悬挂结构，用18根桅杆支撑起横向钢梁，像一艘竖起桅杆、拉满风帆的巨型帆船停泊在玄武湖畔，大面积、大跨度的斜拉索轻钢屋盖体系，既具有江南文化特色，又融合现代化气息。
截至2019年底，南京站南站房东西长270米，南北进深53.5米，站房总建筑面积41000平方米。客流高峰期每小时可容纳1万名旅客候车，票厅面积1155平方米。南广场总面积近4万平方米，集散主广场区面积约2万平方米。
至2018年底，南京站按照方位有四个公交场站，分别为南京站·北广场东、南京站·北广场西、南京站·南广场东、南京站·南广场西。
为了方便乘客往来于火车站南、北广场可选乘南京站·南广场西——南京站·北广场西免费短程接驳线公交直接进入公交场站外。
